Das Medizinstudium an der Universität Basel ist in das Bachelorstudium Medizin und das Masterstudium Humanmedizin unterteilt. Die ersten beiden Bachelor-Studienjahre absolvieren Human- und Zahnmedizinstudierende gemeinsam, wobei teilweise fachrichtungsspezifische Unterrichte angeboten werden. Ab dem 3.BA-Studienjahr wird ein je eigenes Human- bzw. Zahnmedizinstudium angeboten.

Der Bachelor- sowie der Masterstudiengang sind in der Grundstruktur nahezu analog aufgebaut und gliedern sich in das Kernstudium mit Themenblöcken und Basis- bzw. Erweiterten Kompetenzen sowie das Mantelstudium mit frei wählbaren Lehrangeboten. Longitudinale Fach- und Themenbereiche sind vom Anfang bis zum Ende des Studiums in Veranstaltungen des Kernstudiums sowie des Mantelstudiums integriert. Somit ergibt sich ein vielfältiges Studium, welches den Anforderungen des nationalen Rahmenwerks für das Medizinstudium (PROFILES) entspricht.